Après un début de carrière consacré à la géologie  structurale (thèse Univ. Toulouse) et à ses applications aux gisements  aurifères, François Bourges travaille depuis 20 ans en hydrogéologie karstique.  En relation avec le Laboratoire Souterrain de Moulis, il crée un bureau d’étude  spécialisé. Il se consacre depuis à l’étude des dynamiques de transfert (eau,  air, CO2) du karst, des microclimats des cavités, avec pour objectif la  préservation du patrimoine souterrain : grottes ornées (Chauvet, Pech Merle, Niaux, Gargas, Marsoulas, Mas d’Azil, Bruniquel,  Mayenne Science etc.) mais aussi sites naturels (Aven d’Orgnac, Gouffre d’Esparros).
                      Il est membre de la Commission nationale d’architecture et  du patrimoine (CNPT), il a été chargé par le Ministère de l’Environnement de la  rédaction du dossier pour l’inscription de grottes à concrétions sur la liste  du patrimoine mondial de l’UNESCO. Il travaille aussi sur les risques  sanitaires et les problèmes liés au radon 222 (Hydrogéologue agréé, membre du Conseil  de l'Environnement et des Risques sanitaires et technologiques).